凝態科學研究中心（以下簡稱凝態中心）經行政院核定成立於1992年10月，為本校校級研究機構。在第一任中心主任黃昭淵教授之領導下招攬研究人員，建立實驗室，設置儀器系統，從事凝態科學相關之研究，同時開始籌劃於校內建造凝態科學館。從1992年11月至1994年10月中心暫借應用力學研究所空間，進行一般業務，並借用中央研究院原子與分子科學研究所空間，建立實驗室，而於1994年10月遷移有機高分子材料實驗室及磁學材料實驗室至全球變遷研究中心，也建立中心辦公室與會議室。自1995年開工之凝態科學暨物理系館大樓於2000年底建造完成，2001年1月，本中心之行政室，研究室與實驗室等設施正式建立於此新館之內。
【年度紀事】
- 1991年1月，設立籌備處
- 1992年10月，中心正式成立
- 首任中心主任黃昭淵教授
- 1992年11月至1994年10月中心暫借應力研究所空間
- 1994年10月遷移部份實驗室至全球變遷研究中心
- 1995年凝態館大樓開工
- 1998年7月，首任主任之任期屆滿，由當時陳正宏副校長擔任代理主任
- 1998年11月，莊東榮教授接任第二任中心主任
- 2000年底凝態館大樓完工
- 2001年1月，於新館建立行政室、研究室與實驗室
- 2002年10月，中心成立10周年
- 2003年8月，陳正弦教授接任第三任中心主任
- 2010年1月，郭瑞年教授接任第四任中心主任
- 2012年8月，林麗瓊教授接任第五任中心主任
- 2012年10月，中心成立20周年
- 2018年獲第一期教育部高教深耕特色領域研究中心支持，成立「臺灣大學新穎材料原子級科學研究中心（AI-MAT）」
- 2018年8月，由林倫年教授擔任中心第六任主任
- 2022年10，中心成立30周年